กองพัฒนาสังคมกลุ่มเป้าหมายพิเศษ มีภารกิจในการส่งเสริม สนับสนุน พัฒนารูปแบบแนวทางการพัฒนาสังคม และประสานการดำเนินงานด้านการพัฒนาสังคมแก่สมาชิกนิคมสร้างตนเอง ราษฎรบนพื้นที่สูงและกลุ่มเป้าหมายพิเศษ โดยดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการจัดที่ดินเพื่อการครองชีพ พ.ศ. 2511 และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง พร้อมทั้งดำเนินกิจกรรมโครงการตามพระราชดำริ โครงการตามพระราชประสงค์ โครงการพระดำริ งานในชุมชนเพียงหลวง และโครงการอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย กำกับ ดูแล และติดตามการดำเนินงานของหน่วยงานในสังกัด จำนวน 63 หน่วยงาน เพื่อให้กลุ่มเป้าหมายสามารถพึ่งตนเอง เข้าถึงสิทธิและช่วยเหลือสังคมได้